Kiểm soát sự tăng trưởng của vi sinh vật bao gồm nhiều biện pháp như khử trùng, tẩy trùng, sát trùng. Mục đích cuối cùng của kĩ thuật vô trùng là diệt sạch các tế bào và bào tử của vi sinh vật trong môi trường ban đầu.

Sự nhiễm trùng là mối đe doạ vô hình ở bất cứ công đoạn nào hay quy trình công nghệ sinh học nào, từ nghiên cứu đến sản xuất trên các đối tượng vi sinh vật, thực vật hay động vật.

Sự nhiễm trùng sẽ gây ra nhiều hậu quả:

• Chủng vi sinh vật sản xuất sẽ không thuần.
• Canh trường dinh dưỡng và làm biến đổi môi trường nuôi cấy, gây bất lợi cho sự phát triển của chủng vi sinh vật sản xuất, của tế bào động vật và thực vật trong nuôi cấy mô.
• Có thể tạo độc tố.
• Nói chung sự nhiễm vi sinh vật làm cho năng suất giảm, thậm chí sản xuất bị ngừng.